母乳性腹泻一般为生理性腹泻，不需要治疗。但是母乳中含有的乳糖较多，乳糖较多主要是在小肠黏膜表面绒毛的顶端乳糖酶的分泌量较少，或者是活性不高，不能完全消化和分解乳汁中的乳糖，部分留在结肠内的乳糖被结肠菌群酵解成乳酸、氢气、甲烷和二氧化碳。
乳酸刺激肠壁增加肠蠕动而出现腹泻，二氧化碳在肠道内产生胀气和增加肠蠕动，粪中由于乳酸的增加是PH值较低。新生儿就会表现为有腹泻、排气多，并且还会出现腹胀、肠鸣、腹痛等症状，新生儿如果母乳喂养，不影响体重增长，一般状态良好情况不建议口服用药。如果是特别明显的乳糖不耐受的情况，建议口服乳糖酶。