脑积水手术分为两种：一种是在急性脑积水下行脑室外穿刺引流手术治疗，另一种就是脑室腹腔分流手术治疗，一般以脑室腹腔分流手术最为常见。
手术过程患者全身麻醉满意之后，头稍微偏向健侧，然后以患侧的头皮进行切割，大约两公分的口，相应分离进行张口。然后打开颅骨，进入一根特制的导管，放置在第三脑室底或者是室间孔处，然后放置球囊，进而从皮下打一个人工隧道直接进入到腹腔。
切开腹腔，然后将管路放至大网膜周围或者有的放置在小肠周围，预防粘连等一些情况。将两者相应的端口进行连接，然后缝合头皮以及腹腔的开口，手术结束。