精子畸形率达到99%，属于畸形率比较高的一种畸形精子症，具体能不能治好，要根据患者病因以及对治疗方案的敏感性进行综合判断。
一般情况下精子畸形率达到96%可以诊断为畸形精子症，需要进行详细的检查明确精子畸形的类型，判断精子畸形的病因、善后，制定详细的治疗方案。泌尿生殖系统炎症的患者可以进行抗菌、消炎治疗，精索静脉曲张的患者可以进行精索静脉高位结扎术等。有一部分患者治疗效果非常好，也有一部分患者不能治好，需要进行辅助生殖。