乙肝小三阳转阴的方式有两种，一种是自然转阴，另外一种是治疗后转阴。乙肝小三阳自然转阴率很低，年发生率仅为0.5-1%。治疗后转阴，采取不同的抗病毒治疗方案，转阴的比例也有所不同：采用聚乙二醇干扰素抗病毒疗法，治疗48周后，小三阳转阴率约3%；
聚乙二醇有后续效应，停药三年后，转阴率可达8%；替比夫定治疗两年后，转阴率0.5%；阿德福韦酯治疗后5年，转阴率5%；替诺福韦治疗8年后，转阴率1.1%。