小儿咽峡炎可以由细菌感染引起，也可以由病毒感染引起。主要症状有发热，热型不定，可以是低热，也可以是高热到40度，甚至40度以上。发热的同时，可以伴有畏寒、寒战，有的孩子在高热的时候出现高热惊厥。另外一个症状是咽痛，在吞咽食物及口水的时候疼痛明显，婴幼儿可以表现为哭闹、拒食、流涎症状。绝大多数患儿咽喉部可以出现咽部、扁桃体、悬雍垂充血、水肿，咽峡部可见散在疱疹，疱疹周围有红晕，部分患儿扁桃体表面还可以看到渗出物或者假膜形成，咽部肿胀，严重者可以出现呼吸以及吞咽困难。