新生儿拉肚子的原因有非感染性原因和感染性原因。非感染性原因主要包括：1、过敏，包括对牛奶蛋白过敏。2、消化酶缺陷，以乳糖酶缺陷比较多见。3、炎症性肠病，肠道炎症反应，慢性腹泻，C反应蛋白非常高，抗生素治疗无效。4、药物因素。感染性原因包括细菌以及病毒感染，细菌以大肠杆菌比较常见，传染源多来自于孕母分娩前后的腹泻或者宫颈存在大肠埃希杆菌，病毒感染主要包括轮状病毒或者其他的柯萨奇病毒等等。