如果是首次发作的生殖器疱疹，建议给予抗病毒药物伐昔洛韦或泛昔洛韦口服治疗，局部给予喷昔洛韦或碘伏溶液外用。如果是复发的生殖器疱疹，一般需要在出现皮疹前有前驱症状时，开始给予抗病毒药物伐昔洛韦或泛昔洛韦口服，出现皮损时，只需要给予喷昔洛韦乳膏或碘伏溶液外用即可。
如果发作频繁，每年超过6次，建议给予小剂量长期抗病毒治疗，可以长期给予小剂量的伐昔洛韦或泛昔洛韦治疗，一般在3-6个月以上，出现皮损时不建议发生性行为，生殖器疱疹具有传染性，建议夫妻双方共同检查并治疗。