扁平疣的治疗首先可以采用局部的外用药。外用药可以用维A酸霜，但是这个药需要注意，如果哺乳或者是计划要怀孕的妇女或者是孕妇，就不建议采用这个药膏了，而且这个药膏涂完了之后，局部可能出现灼热刺痛的感觉，而且需要避免日晒。也可以用干扰素的凝胶来外涂，但是这个药物通常起效比较慢，用药的时间比较长，可能需要用两个月以上的时间。全身的治疗，可以用调节免疫的药，比如转移因子或者是卡介菌多糖核酸。还有可以用物理治疗，比如激光治疗或者是冷冻治疗。当然有一些患者可能过几年的时间，扁平疣也可以自行消退。