扁桃体结石大多数没有症状，当扁桃体结石小，常常不会引起任何不适症状。扁桃体结石较大时，有可能刺激局部，引起扁桃体疼痛、发炎、红肿，产生咽喉疼痛、咽喉部异物感、刺激性咳嗽，伴有耳部闷痛、吞咽困难以及呼吸困难。
如果出现扁桃体结石，合并细菌感染的时候，往往会继发引起扁桃体炎急性发作，会伴有全身发热的症状，局部疼痛明显、全身酸软、肌肉疼痛。这时往往需要进行全身药物治疗，以及局部消炎治疗，扁桃体结石可以考虑长期药物治疗不缓解后，进行手术切除治疗。