如果乙肝病毒合并了丙肝病毒的感染，先要关注肝功能的检测以及乙肝病毒DNA、丙肝病毒RNA的检查。如果出现了明显的肝炎发作，并且乙肝病毒DNA以及丙肝病毒RNA阳性，就需要口服两种抗病毒药物进行治疗。
乙肝首选的抗病毒药物，包括恩替卡韦及替诺福韦，能够有效抑制乙肝病毒的复制，延缓肝纤维化、肝硬化的发展，并且降低肝癌的发生概率。丙肝的抗病毒治疗，需要口服吉三代药物，例如丙通沙来进行抗病毒，疗程是三个月，可以彻底清除丙肝病毒。但是，乙肝病毒无法彻底清除，即使在肝炎发作好转后，也需要每半年定期进行肝病的随访。