肉芽组织和肉芽肿在临床上是有区别的，当患者出现伤口时，伤口愈合的过程要有肉芽组织的参与，而肉芽肿常常和炎症反应有关。
新鲜的肉芽组织颜色鲜艳、红润，触碰时非常容易出血，而血液是新鲜、清洁的状态，这样的肉芽组织为伤口的愈合提供良好的基础，它可以将缺损的组织进行适当的填补，在肉芽组织参与的基础上皮肤才能将伤口完全覆盖，这样就能达到伤口的瘢痕愈合。而肉芽肿常常和炎症反应有关，比如严重的甲沟炎时会在甲床周围出现较大的肉赘，这样的肉赘大多是炎性肉芽肿，只有通过适当的炎症控制，比如局部或全身应用抗生素，有时甚至需要手术切除，才能将肉芽肿彻底的治愈。
需要注意的是在正常情况下肉芽组织不需要进行治疗，而肉芽肿需要及时服用抗生素药物进行消炎、杀菌，在治疗期间不要吃辛辣、刺激的食物，以免与药物发生冲突，造成不适症状。