复方玄驹胶囊上市后的不良反应报告显示，偶有患者服药后出现恶心、呕吐等胃肠道反应，饭后服药可以降低不良反应的发生率。极少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。
复方玄驹胶囊属于中成药，在医生的指导下辨证合理使用比较安全。患者大都耐受性良好，副作用相对较少，而且症状大都轻微，停药后一般症状可以消失。过量或者长期服用会增加不良反应的发生频率和程度，因此不可以擅自更改用药的剂量和疗程，阴虚火旺患者慎用。此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用。如正在使用其他药物，为防止发生药物相互作用影响治疗，请就医时告知医生用药史。