肛瘘属于一种慢性感染性疾病，最主要的治疗办法是进行手术。具体详细方式，需根据肛瘘的分型而定。简单性的肛瘘，可以采取瘘管的切除缝合，或者进行切开；而复杂性的肛瘘，需要进行详细的探查，必要时还需要挂线疗法。因为肛瘘主要是继发于肛周脓肿，是因为没有及时治疗，或者治疗之后遗留所导致，所以需要进行详细的探查。在手术以后，还要系统的进行抗感染治疗，并且坚持每天换药。如果是挂线的病人，要注意3-4天之内进行收紧，通常10天左右，挂线能够逐渐脱落。这种情况下，也可以避免肛门括约肌的损伤，而导致术后排便功能障碍。