经过大量的临床数据研究表明，艾滋病的抗病毒药物经过长期的服用，一般并不容易导致明显的毒副作用。其抗病毒的药物之一替诺福韦，有部分的人群经过长期服用，可能容易导致肾脏的钙、磷代谢异常，或者是肾小管的损伤；其他的如克力芝，该药可能容易导致一些脂质代谢的异常；还有其他的依非韦伦片，容易出现一些精神系统的症状，但是通常都是在早期。大部分的患者经过长期规范的服药，并不容易出现其他的毒副作用，一般需要进行严密的监测。此外，拉米夫定没有明显的毒副作用，一般需要定期检测肝肾功能。