无论是急性鼻窦炎还是慢性鼻窦炎都会引起头痛。但是急性鼻窦炎的头痛比较剧烈，而慢性鼻窦炎的头痛较急性鼻窦炎的要差，主要表现为钝痛、闷痛。头痛主要是因为鼻腔黏膜的水肿压迫神经末梢，或者鼻窦窦口复合体阻塞之后，窦腔内的空气被吸收，形成真空性的头痛或者细菌毒素被吸收之后引起的脓毒性的头痛。
头痛一般会伴有鼻窦炎的其他三个症状，如鼻塞、流脓性涕以及嗅觉减退，鼻塞可以伴有头痛，一般头痛会出现一定的时间规律性或者固定的部位，主要表现为上午或者下午痛，但应用鼻内减充血剂或者体位引流之后头痛会明显的减轻。