目前子宫内膜异位症的病因并不明确，它的病因有很多个学说，比如异位种植学说、体腔上皮化生学说、诱导学说、遗传因素、免疫与炎症因素等等。但是，最主流的学说是异位种植学说，它指子宫内膜的间质和上皮细胞，随着血液逆流，经过输卵管进入盆腔，种植在卵巢和邻近的盆腔腹膜，从而导致子宫内膜异位症。或者是子宫内膜也可以通过淋巴、静脉向远处传播，发生异位的种植。种植在其他器官或者是其他部位的内膜异位，会随着月经周期，出现周期性的增生以及周期性的剥脱。但是，剥脱的子宫内膜和血液没有办法排出体外，在体内堆积，就形成了子宫内膜的异位包块。