右侧侧脑室旁腔隙性脑梗塞的患者，如果有急性新发的脑血栓的症状，应该按照急性脑血栓的治疗方法进行用药，可以静点依达拉奉清除自由基治疗；静点疏血通活血化瘀治疗。如果没有急性发作的症状，而是在体检做CT时，发现右侧侧脑室旁腔隙性脑梗塞，不必特殊的治疗。
但是，如果同时伴有高血压病、糖尿病、高脂血症，或者是有吸烟、饮酒等习惯，应该给予脑血管病的二级预防治疗，应该积极的控制血压、血糖、血脂，建议戒烟、限酒；口服阿司匹林抗血小板治疗、阿托伐他汀稳定斑块治疗。