绝大部分的肛周脓肿是由于肛腺感染引起的，肛腺是开口于肛窦，位于内外括约肌之间。由于肛窦开口向上，像口袋一样，可以存留粪便，容易引起肛窦发炎，感染蔓延至肛腺后导致括约肌的肌间感染，从而引起各种类型的肛周脓肿。肛周脓肿也可以继发于肛周皮肤的感染、损伤以及肛裂、内痔，还有药物注射，甚至是骶骨骨髓炎也可以发生肛周脓肿。一些全身性的疾病比如克隆氏病、溃疡性结肠炎和血液病病人也是比较容易发生肛周脓肿的。