巧克力囊肿是由子宫内膜异位所导致的。它的临床表现，一般就是痛经，是子宫内膜异位最明显的症状，但是也是最容易被忽略的先兆，所以一般呈进行性的加重。另外一个症状就是性交痛，这也是一个非常明显的信号，可能还会伴有点状的出血。卵巢的巧克力囊肿症状并不是十分的明显，另外还有就是会出现不孕和月经的失调。在不孕的女性当中，子宫内膜异位造成的巧克力囊肿所导致的不孕，还是占有很高的比例。