扁平疣的治疗一般是物理治疗为主，不用口服药物。当然有严重的、数目巨多的，单纯的物理治疗不好操作，可以加上口服的药物或者是肌肉注射的药物。扁平疣是人乳头瘤病毒HPV感染所导致的，没有特效药，所以治疗主要是以物理治疗，比如液氮冷冻或者是二氧化碳激光进行治疗。
当数目巨多的时候，尤其是面部，物理治疗可能会使得皮肤出现瘢痕，或者是非常的不好看，可以肌肉注射干扰素，加上口服异维A酸胶丸等去角化的药物，会明显的增加治疗效果、缩短病程。