男性阴茎短小可以通过内分泌治疗和手术治疗两个方案，内分泌治疗是治疗小阴茎的主要方法，不过目前治疗的方案，并没有完全统一的意见，常用的药物有睾酮、双氢睾酮、绒毛膜促性腺激素、黄体生成素，以及促性腺激素释放激素等，可以单独或者联合应用，给药的途径有口服、肌肉注射、皮内注射、吸入，也就是喷鼻，或者局部的应用，研究认为在婴幼儿期、青春前期，以及青春期给药都可以获得比较满意的疗效。
手术治疗的方法主要是阴茎延长术，适用于青春期以后阴茎仍然短小者，成年男子阴茎静息状态下小于4cm或者勃起状态下小于7.5cm，需要考虑行阴茎延长术，但不主张应用于婴幼儿。患者如果合并隐睾或者尿道下裂，可以在手术的时候一并进行矫正。