亚临床甲减一旦吃药通常不能停用，并不是因为药物对亚临床甲减患者产生依赖性，而是导致亚临床甲减的病因多数是慢性病因，通常这种亚临床甲减的状态并不能够得到根治。在临床上导致亚临床甲减最常见的原因为桥本甲状腺炎，桥本甲状腺炎由于体内存在针对甲状腺的自身抗体，所以容易导致甲状腺滤泡上皮细胞受到损害，导致患者甲状腺激素合成和分泌减少。
亚临床甲减需要终身进行药物的替代治疗，通常使用的是左甲状腺素钠，可以在医生的指导下规律进行随访，调整药物的剂量，待甲状腺功能恢复到正常以后，可以用稳定剂量去进行维持，但通常这种亚临床甲减需要终身进行替代治疗。