当结石位于肾盂腔内，患者可以没有明显症状或仅有轻微的隐痛、钝痛症状。
当结石外出移行进入输尿管内形成输尿管结石，可出现明显的肾绞痛或者输尿管绞痛症状，典型的肾绞痛症状表现为突发的肋脊角和腰部的刀割样疼痛，疼痛剧烈难忍，并向下腹部和会阴部放射。
此外，血尿是结石的另外一个好发症状，往往是在疼痛以后和活动后出现血尿，当结石向下进入到输尿管末端时，患者可以出现尿频、尿急、排尿困难等尿路刺激症状。
结石在输尿管内，输尿管内压升高，管壁扩张，可以刺激输尿管壁，由于输尿管和肠道有共同的神经支配，所以患者还可以出现恶心、呕吐等症状。
其它症状为结石引起来的并发症症状，如功能性、解放性独肾的完全梗阻，可以出现急性肾后性肾衰，结石的慢性梗阻长期存在可以引起慢性的肾积水，乃至肾功能不全。