输卵管堵塞大多是输卵管炎症所引起，一般主要是由于输卵管的黏膜炎所引起。输卵管黏膜炎就是输卵管最里面那一层黏膜的皱褶发生炎症，从而导致粘连，使输卵管的管腔变窄，形成输卵管的管腔堵塞。输卵管管腔炎症堵塞以后，输卵管的纤毛功能也会受损，从而导致受精卵在输卵管内运行受阻，就容易造成宫外孕。
输卵管黏膜炎发生堵塞以后，如果是完全堵塞，精子都不能通过，就会造成不孕症。如果输卵管堵塞是部分堵塞，造成非常的狭窄，精子可以通过狭窄的输卵管，但是精子跟卵子结合，形成受精卵以后，就不能够通过这个狭窄的地方，从而容易在输卵管里面形成输卵管妊娠。输卵管黏膜炎最常见的原因，就是淋病奈瑟菌和沙眼衣原体所导致的盆腔炎，经常会累及到输卵管黏膜，从而引起黏膜炎，导致粘连、堵塞。