目前，多囊卵巢综合征的病因，尚没有明确的说法，综合的病因比较复杂。但是，有几大理论来推断多囊卵巢综合征的原因，一个是垂体促性腺激素的分泌失调，丘脑下部通过持续中枢和周期中枢来控制垂体促性腺激素的分泌。当病人由于情绪紧张、药物或者疾病的因素，引起下丘脑的功能失调的时候，会引起激素的分泌失常，而卵泡就不能发育正常的排卵。当卵泡膜细胞增生和黄素化，就会造成卵巢的多囊性病变。还有一种说法是卵巢的类固醇生成所需酶系统的功能缺陷，影响丘脑下部中枢的功能，造成激素的分泌比例失常。另外一种说法是肾上腺的皮质醇紊乱，有些肾上腺肿瘤、肾上腺皮质增生常会伴随着无排卵或者类似多囊卵巢的表现，经治疗后可以恢复有周期性的排卵的正常月经，所以认为肾上腺的雄激素过量会引起多囊卵巢综合征。