胆管结石可以分为原发性的胆管结石和继发性的胆管结石，原发性胆管结石多于肝内胆管的感染、胆汁的淤积或者有胆道蛔虫等引起，往往是以胆色素性的结石为主。继发性胆管结石多是由于胆囊内有结石，由于胆囊的收缩使结石通过胆囊管进入肝外胆管，也就是胆总管内，引起的胆管结石，多为胆固醇性的结石。胆管结石根据发生的部位可以分为肝内的胆管结石和肝外的胆管结石，肝内的胆管结石多为原发性的胆管结石，胆总管内的结石多为继发性的胆管结石。