肝脏多发小囊肿多是先天性的，多认为是肝内胆管胚胎发育期障碍所导致；还有一部分囊肿是后天性的，称为潴留性的囊肿，多是肝内小胆管慢性或者不完全性堵塞所导致，常常是因为炎症、水肿、结石的阻塞，或者是瘢痕的收缩所引起。
如果囊肿比较小，患者一般没有症状，大多在体检的过程中发现，只需要定期复查超声，观察囊肿的变化就可以。一般每3-6个月复查1次，囊肿生长速度都非常缓慢，极个别的囊肿会出现囊内的出血或者感染，这时再治疗就可以。