肛瘘手术不是什么大手术，但是，毕竟肛门口行手术治疗，每天又要排便，排完便后要及时换药，所以，术后疼痛是个大问题。但是，至于疼痛的严重程度，因人而异，因病情而定。对于单纯性肛瘘，因为创面比较小，所以，术后患者疼痛倒不是非常剧烈，所以，不会感觉非常难受。
对于高位复杂性肛瘘患者，因为创面比较大，创腔比较深，有的需要配合肛瘘挂线治疗，所以术后疼痛会比较剧烈，严重的时候需要配合双氯芬酸钠栓进行止痛治疗。所以，肛瘘手术后和排便关系比较密切。同时，肛瘘手术不是大手术，但是会比较麻烦。因为肛瘘手术对于患者只是解决一半的问题，后期伤口的护理以及大便的调理，都至关重要，所以会比较麻烦。