肛周脓肿吃药，只能暂时的缓解患者的临床症状，而不能治愈肛周脓肿。在临床上，肛周脓肿的治疗包括非手术治疗和手术治疗。非手术治疗主要包括抗生素治疗，一般选用对革兰阴性杆菌有效的抗生素进行诊治，而且患者可以进行温水坐浴和局部理疗，甚至有些时候患者可以口服一些缓泻剂、石蜡油，以减轻排便时候出现的肛门疼痛。
患者一旦确诊为肛周脓肿，建议早期的行脓肿切开引流，因为它是治疗肛周脓肿的主要办法。手术方式因为患者的脓肿位置不同，而有所不同，一般来说，比较浅的肛周脓肿，患者的创面比较小，恢复起来也比较快；如果肛周脓肿位置比较深，创面相应的也比较大，恢复起来也比较慢一些。