并不是所有的腘窝囊肿都必须手术。只有在国窝囊肿体积明显增大，或者是腘窝囊肿对膝关节后方的重要血管和神经，如腘动静脉、胫神经或者腓总神经，产生了明显的压迫而引起较严重的临床症状时，才需要手术治疗。而对于较小的腘窝囊肿，则一般可以采取保守治疗措施进行对症治疗。
具体包括减少膝关节的活动量，或者是减轻膝关节的伸屈活动幅度，可以对症给予一些消炎、止痛药物，如醋氯芬酸、双氯芬酸或者塞来昔布等，这些可以明显的减小国窝囊肿的体积，从而可以避免手术治疗。另外也可以给予局部的活血化瘀作用的中成药，如秦川通痹片等，也可以对腘窝囊肿起到明显减小的作用。