眼部抗感染药物的不良反应主要有以下几点，1、过敏反应，病人对药物本身的某些成分产生过敏，引起眼部的充血、瘙痒、球结膜水肿，严重时眼睑水肿明显。2、药物的毒性反应，药物本身存在很多防腐剂，长期应用抗感染药物，可以引起眼部的干涩、异物感，甚至角膜上皮的损伤，导致药物毒性反应。3、眼部短暂刺激，由于泪液的渗透压与药物的渗透压有所不同，在滴用感染抗感染药物以后，可以引起眼部短暂的刺痛、烧灼感，持续数秒钟至数分钟不等，如果刺痛持续时间较长，则需要停用抗感染药物。