脑部的脊索瘤，一般情况下都是良性的情况。但是这种一般占90%以上，也有10%是属于非典型性的脊索瘤属于恶性，因为里边主要充质的恶性的间质成分。
脊索瘤虽然是良性的成分，但是有恶性的表现，就是随着肿瘤不断的生长会侵蚀颅骨。这种侵蚀颅骨就会造成在后期切除的过程当中非常难以完整地切除，因为颅骨这方面有很多的骨缝且也凹凸不平，完全通过人力不能够将其完全的切除。
因此这个时候会用一些特殊的设备，但是在切除的过程当中又不能太过于猛烈，很容易造成脑脊液漏的情况，所以对手术水平的选择是个巨大的考验。因此从这方面来讲，脊索瘤在后期就非常容易残留和复发。因此脊索瘤虽然是良性，但是非常容易复发，而且往往会造成不良的后果。