骶管囊肿症状较轻者，在临床上一般不建议手术治疗。主要是因为虽然骶管囊肿的手术，属于一种神经外科的微创手术治疗方式，但是任何一种手术都有手术并发症的可能性。所以对于骶管囊肿症状轻微的患者，一般并不建议直接手术治疗。
而对于骶管囊肿引起的症状比较明确，特别是臀部、骶尾部、会阴、肛门周围的疼痛、麻木、蚁走感等异常感觉，直肠膀胱功能障碍，排便、排尿困难，里急后重感、坠胀感，以及男性患者出现比较明显的性功能障碍，甚至性交疼痛，女性患者出现缺乏性快感等表现。还有一些患者出现大腿后侧、后外侧的放射性疼痛和麻木的症状时，才需要考虑神经外科手术治疗。