骶管囊肿手术成功率根据患者所采取的手术方式而定，较好者成功率可在90%以上。比如在经验丰富的神经外科由经验丰富的医生进行处理，一般采取显微镜下囊肿切除、囊颈结扎、囊肿大部分切除、神经袖套重建，以及脂肪和肌肉骶管内填塞等方法进行治疗。
以往一些单位对于骶管囊肿采取局部穿刺抽吸和注射生物蛋白胶的方法，患者通常在短时间内有症状缓解，一般在半年之后会有不同程度复发情况。