骶管囊肿手术是一种较为安全和有效的治疗方法，但是如果医生经验不足，特别是手术方法选择不当或者术中处理不当，也有一定的手术风险和后遗症。较为严重的手术风险和后遗症主要表现为神经功能障碍进行性加重，特别是下肢无力，严重者甚至双下肢瘫痪、大小便功能障碍乃至大小便失禁、性功能障碍。
还有囊肿复发、伤口脑脊液漏、伤口感染、慢性窦道形成等一系列并发症。有些患者甚至术后的症状较术前更加严重，所以骶管囊肿的手术应该由富有处理经验的医生来完成。