骶管囊肿目前并没有非常有效的药物治疗手段，对于症状比较轻微、对患者日常生活影响比较小的骶管囊肿，可以适当口服药物，主要有神经营养药物，例如维生素B1、腺苷钴胺或甲钴胺等。对于疼痛严重的患者，可以适当口服非甾体类解热镇痛抗炎药，对于神经根痛较为明显的患者，也可以口服神经妥乐平等药物。对于肌张力高的患者，还可以口服巴氯芬等。如果患者骶管囊肿引起的症状较为严重而明显，则应尽早进行手术治疗。