新生儿脊髓脊膜膨出一般建议尽早进行手术治疗，目前多采用出生后24-48小时之内完成手术。手术需要切除膨出的硬脊膜囊，松解脊髓与神经根和硬脊膜囊颈、囊壁的粘连，将其还纳到正常的硬脊膜囊腔内，然后缝合硬脊膜囊的瘘口部位，必要时以人工硬脑膜等材料进行加强缝合。对于囊壁菲薄、破溃的患儿，应考虑急诊手术进行处理。对于囊壁破溃并造成感染的患儿，则应在感染控制之后尽早安排手术。