先天性脑脊膜膨出通常需要及早进行手术治疗，具体治疗方法是由经验丰富的神经外科医生，在显微镜下充分游离囊壁，并分离囊颈部位与囊壁粘连的脑组织、脊髓和神经根。在此基础上，切除大部分囊壁，修复囊颈部位的硬脊膜缺损，使硬脊膜、硬脑膜的囊腔闭合，恢复为接近正常的状态。如果骨缺损范围比较大，还需要进行骨缺损的人工材料修补，以避免将来该部位再次发生脊膜囊向外突出，造成脑脊膜膨出复发。