先天性脊髓空洞症的治疗方法主要依靠手术治疗，主要是因为先天性脊髓空洞症多有明确病因引起，例如小脑扁桃体下疝畸形引起的颈髓、上胸髓脊髓空洞。腰骶部脊髓拴系、骶尾部脂肪瘤引起的脊髓圆锥部位空洞，这些空洞都是由于这些明确病因引起的，所以，唯有通过手术的方式进行处理，去除小脑扁桃体下疝畸形，去除骶尾部脊髓拴系，才能使脊髓内的脑脊液循环恢复到正常，使先天性脊髓空洞症得以有效的治疗和缓解，促使患者神经功能恢复。所以，先天性脊髓空洞症应该及时到神经外科，由富有处理经验的医生进行手术治疗。