眼睛被树枝扎了可造成损伤，建议按急诊处理，可进行手术或药物治疗，具体如下：
1、患者要争分夺秒的前往正规眼科医院诊治。因为患者需要通过相关仪器检查才能明确眼睛的受伤情况，决定下一步治疗方案，并根据眼部损伤的严重程度决定是否需要手术治疗；
2、若不需要手术治疗，可常规运用抗生素等抗感染滴眼液点眼，或全身应用抗生素；
3、通过相应实验室检查可确定是否造成眼睛的真菌感染，若有真菌感染，需用抗真菌药物治疗。