龟头部位起小水泡，如果伴有疼痛不适的表现，临床上表现是红斑上出现的触及的水泡，最有可能就是Ⅱ型单纯疱疹病毒感染之后所引起的生殖器疱疹。生殖器疱疹属于性传播疾病的一种，治疗上可以口服抗病毒的药物，比如盐酸伐昔洛韦，局部外涂喷昔洛韦乳膏进行抗病毒治疗。使用药物可以明显缩短病程，减轻患者疼痛不适的自觉症状。该疾病一旦确诊，很难彻底根治，也只能选择对症治疗。因为一旦免疫力降低后，潜藏在脊神经根内的生殖器疱疹病毒就会再次激活，从而导致疾病的复发。