安全套可以减少尖锐湿疣的发病率，但是安全套不能完全覆盖。尖锐湿疣几乎都是通过性接触传播，主要是阴道性交时传播到生殖器区域，通过接触被人乳头瘤病毒感染的皮肤或者是黏膜传播。虽然使用安全套可以在一定程度上防止人乳头瘤病毒的传播，但并不能完全避免。
有研究表明，使用安全套对预防男性的人乳头瘤病毒感染比女性更加有成效。如果男性进行包皮环切术，可能会降低人乳头瘤病毒感染的风险，目前男性和女性都可以注射人乳头瘤病毒疫苗来预防尖锐湿疣。