在性行为后出现尿道疼痛，多数是由于泌尿生殖道的炎症所引起，比如急性尿道炎、膀胱炎、前列腺炎、精囊炎等疾病，在性行为过程中，致病微生物沿着尿道口进入尿道，引起尿道黏膜充血、水肿，从而导致小便疼痛感。此时需要及时做尿常规、彩超检查、尿液培养及药敏检查，以明确诊断。
如果尿常规提示白细胞明显升高，可确诊是由于感染所导致，需要选用广谱抗生素进行治疗，比如头孢类药物，如头孢拉定胶囊，或者喹诺酮类，如盐酸左氧氟沙星片等，需要在医生指导下进行用药。患者治疗期间应注意饮食清淡，不要吃辛辣、刺激的食物，需要多喝水、勤排尿、多运动，有助于病情康复。极少数患者是由于本身患有泌尿生殖道结石所致，比如膀胱结石，在性行为后结石从膀胱进入尿道，从而引起小便刺痛，此时可以通过手术将结石取出。