灰指甲引起甲沟炎，需要化验真菌。如果是真菌镜检是阳性，还可以做真菌的培养，以明确是否是灰指甲确诊之后，可以分为两步骤进行治疗。第一步是先治疗甲沟炎，甲沟炎主要是由于细菌感染引起，在临床治疗上，需要外用夫西地酸乳膏，或者莫匹罗星软膏，口服阿莫西林胶囊，或者是罗红霉素胶囊进行抗炎、抗感染治疗。
如果有脓性渗出，还可以外敷联合雷夫诺尔溶液。在上述治疗几日后红肿消退，渗出干涸结痂，此时甲沟炎好转，可以进行下一步治疗。第二步治疗，可以口服伊曲康唑胶囊，口服1周之后停用3周，再进行下一次同样的治疗。一共疗程是3-6个月，即可以治愈灰指甲。