目前已经上市的手足口病疫苗只有一种，是针对肠道病毒71型的疫苗，名字叫做肠道病毒71型灭活疫苗，是利用人二倍体细胞所制备的。这个病毒是手足口病的重要病原体，因为手足口病重症患者之中，肠道病毒71型是比较常见的病原体。
柯萨奇病毒A组16型以及其他的型别，导致重症手足口病的可能性并不是那么大。肠道病毒71型对中枢神经系统有一定的选择性，更加有可能造成无菌性脑膜炎等神经系统的并发症。
打了这种疫苗，基本上能够预防手足口病重症的出现。如果手足口病重症是由其他病毒所导致的，也是预防不了的，只能防止肠道病毒71型感染。