男性尿道内刺痛、流脓需要看刺痛、流脓的原因，最常见的是泌尿系统的感染，泌尿系统感染里面最常见的就是尿路的细菌感染，可以取脓液做细菌培养加药敏。如果细菌培养加药敏找到感染菌，需要根据药敏结果使用针对感染菌的抗菌药物，最常见的经验用药就是喹诺酮类的药物，如氧氟沙星、左氧氟沙星或者头孢类药物头孢硫脒、头孢克洛、头孢他啶，也可以使用青霉素类药物，如哌拉西林、阿莫西林等药物。
如果是支原体、衣原体感染引起的流脓，需要使用针对支原体、衣原体感染的药物，最常见的药物是红霉素的药物，如红霉素、罗红霉素、克拉霉素。可以取脓液做细菌涂片检查，如果涂片检查发现革兰阴性双球菌，有可能是淋球菌的感染，就是性病的一种，叫做淋病，一般需要使用青霉素类或者头孢类药物，比如哌拉西林、阿莫西林或者头孢他啶、头孢硫脒、头孢克洛等药物。如果是尿道结石引发的刺痛、流脓，可能需要手术治疗，行尿道结石碎石取石术。