克罗恩病的病因和发病机制目前还没有完全明确，现在所知的肠道黏膜免疫系统异常反应，所导致的炎症反应，在克罗恩病的发病中起到重要的作用。目前认为克罗恩病是由多因素相互作用所导致，主要包括环境、遗传、感染因素，以及免疫的因素。
目前对克罗恩病的病因的认识，可以概括为环境因素作用下以及遗传的易感者，在肠道菌群的参与下，其中的肠道免疫以及非免疫系统，最终导致免疫反应和炎症过程。由于抗原的持续刺激或者免疫调节紊乱，这种免疫炎症反应表现为过度的亢进和难以自限，出现的疾病表现，主要损伤了肠道的组织，常常是多因素、多环节发病最终导致组织损害。