如果明确卵巢囊肿是卵巢肿瘤所引起，一经发现就应该手术治疗，吃药不能够消除，而且有恶变的风险，所以对于真正的卵巢肿瘤导致的卵巢囊肿，不建议吃药。卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性卵巢囊肿，病理性卵巢囊肿就是卵巢肿瘤所导致的卵巢囊性改变，这种情况必须要做手术。同时，在手术当中，必要时做快速冰冻切片、组织学检查，以明确良恶性，这样才能更加放心。
卵巢囊肿可能是卵巢的生理性改变，大多见于卵巢的滤泡囊肿或者黄体囊肿，其中黄体囊肿最为多见，出现在卵巢成熟卵泡排出卵子以后，也就是在女性的黄体期。黄体囊肿可能出现在早孕妇女，在早孕期间，这是比较常见的卵巢生理性囊肿，也称为卵巢的瘤样病变，大多是单侧、壁薄、直径小于8cm，观察或口服避孕药2-3个月以后，卵巢生理性囊肿可以自行消失。如果肿块持续存在或者增大，就要考虑是卵巢肿瘤引起的囊肿，必须要手术。