患有慢性肠炎的时候，要看一下肠炎是什么病原体？如果是病毒性的肠炎，一般不需要病原治疗可以自愈，就像感冒一样，7天就可以自己痊愈。但是细菌性的肠炎，最好根据细菌药物敏感试验结果来选择抗菌药。比如患有细菌性的痢疾时，这种慢性肠炎，因为痢疾杆菌对常用的抗菌药物广泛耐药。一般可以选用复方新诺明，也就是复方磺胺甲基异唑、吡哌酸，就是PPA、青大霉素、DNA卡那霉素等，往往用这些药物对细菌性的肠炎治疗起来效果是非常好的。有一些厌氧菌，可以选用甲硝唑，也就灭滴灵治疗，血吸虫病可以用喹诺酮类药物治疗。白色念珠菌肠炎以制霉素口服疗效要好。但是，如果伴有全身性的真菌感染的时候，就要选择性二庆霉素来治疗。