女性的生殖器疱疹和男性发生生殖器疱疹的治疗原则一样，不管是男性还是女性，对于生殖器部位出现的疱疹，大多是由于感染了2型疱疹病毒形成局部水疱，同时伴有疼痛症状。治疗上局部可以外涂抗病毒药物，如果发生了溃疡或者是糜烂，可以外涂康复新液或者使用氧化锌乳膏收敛疮口。
在早期刚刚形成水疱的时候可以外涂喷昔洛韦乳膏，同时需要口服抗病毒药物，比如口服阿昔洛韦或者伐昔洛韦等，也可以适当配合免疫调节剂进行治疗，比如可以注射干扰素或者注射卡介菌多糖核酸进行治疗。